生產(chǎn)追溯系統(tǒng)不能滿足網(wǎng)絡(luò)時(shí)代特征的要求。隨著互聯(lián)網(wǎng)時(shí)代的到來，電子商務(wù)的興起，數(shù)字經(jīng)濟(jì)已經(jīng)影響到社會經(jīng)濟(jì)生活中的方方面面。但生產(chǎn)追溯系統(tǒng)軟件系統(tǒng)還處于初始階段，對電子商務(wù)的支持也尚未成熟。傳統(tǒng)生產(chǎn)追溯系統(tǒng)不能適應(yīng)跨地域異地應(yīng)用，更不能為虛擬產(chǎn)業(yè)聯(lián)盟提供從供應(yīng)商到合作伙伴和客戶的有效管理手段。
企業(yè)的生產(chǎn)追溯系統(tǒng)與供應(yīng)鏈結(jié)合不緊密。生產(chǎn)追溯系統(tǒng)雖然是面向供應(yīng)鏈管理,但其重心仍在企業(yè)內(nèi)部。激烈的買方市場競爭中，客戶已經(jīng)成為企業(yè)興衰的關(guān)鍵。如何以客戶為中心，提高客戶的滿意度和忠誠度是生產(chǎn)追溯系統(tǒng)要改善的一個重要環(huán)節(jié)。
生產(chǎn)追溯系統(tǒng)無法滿足企業(yè)個性化管理的需求。隨著管理理論和IT技術(shù)的不斷創(chuàng)新、市場需求的不斷變化，企業(yè)流程也必然隨之而改變，而目前生產(chǎn)追溯系統(tǒng)還不能動態(tài)地滿足企業(yè)流程變化的需要，必須經(jīng)過艱難的二次開發(fā)和實(shí)施才能實(shí)現(xiàn)。雖然一些生產(chǎn)追溯系統(tǒng)公司正在進(jìn)行動態(tài)企業(yè)建模的探索，但都還處于初級階段。
生產(chǎn)追溯系統(tǒng)的集成程度低。盡管很多企業(yè)開展了電子商務(wù)業(yè)務(wù)，但是由于生產(chǎn)追溯系統(tǒng)沒有進(jìn)行集成，使得從平臺上獲得的銷售定單、市場信息不能及時(shí)傳遞到后臺生產(chǎn)追溯系統(tǒng)中，前臺生產(chǎn)追溯系統(tǒng)不能共享信息，造成前后臺信息的脫節(jié)，這就導(dǎo)致客戶滿意度的下降，甚至失去客戶。
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